时钟系统是轨道交通重要的组成部分之一，其主要作用是为乘客和工作人员提供准确的时间信息，同时时钟系统要为其他子系统提供统一的时钟信号，使各系统的定时集中同步，在整个轻轨系统中使用相同的定时标准。站厅及站台位置的时钟可以为旅客提供准确的时间信息；各车站办公室内及其它停车场内的时钟可以为工作人员提供准确的时间信息；向其它轻轨通信子系统提供的时钟信息为轻轨运行提供了标准的时间，保证了轻轨系统运行的准时，安全。
时钟子系统能够向轻轨全部通信子系统提供准确的时钟信号。时钟信号以卫星自动定位系统所发的格林威治标准世界时间为准辅以铷原子钟或石英钟。时钟系统的控制中心向各分站或车场二级母钟发送时钟信号，再由二级母钟向其对应的子钟发送时钟信号；同时每站的各路时钟信号均需上传至时钟系统的监控中心，使之可以完成对全路各站所有时钟工作状态的监测和控制，并可在相应的管理客户机上完成各种需要的管理及配置功能。
轨道交通时钟系统采用二级母钟结构，由控制中心一级母钟系统，网管系统、二级母钟、子钟、传输链路构成。一级中心母钟系统采用主备GPS母钟或GPS铷原子母钟系统，一方面给各时钟系统提供时间，还给其他子系统提供时间参考。
